外泌体蛋白质组学

一、服务简介：

      外泌体蛋白质组学研究，就是对来自不同外泌体中的蛋白质进行整体水平上的研究，有利于揭示外泌体的功能、筛选药物靶标以及寻找生

物标志物等，在临床应用上具有重要意义。越来越多的研究表明，一些宿主或肿瘤细胞分泌的外泌体与肿瘤的发生、生长以及转移等过程   密切相关。因此，外泌体蛋白质组学研究在疾病的临床诊断、疗效评价和预后追踪等方面具有重要作用。

二、服务流程：

1)    外泌体的分离纯化和表征。

2)    利用质谱的技术鉴定外泌体蛋白的组成。

3)    外泌体蛋白质组数据分析。

三、样品要求：

1)    血清样本： 5ml，最低2ml   （全血10ml)；

2)    血浆样本： 5ml，最低2ml   （全血8-10ml)；

3)    无血清培养细胞上清：50ml；

4)    其他如尿液、卵泡液、精液、分离好的外泌体、提好的总RNA等的样本要求请详询工作人员。

5）运输条件：客户邮寄标本需使用干冰运输，请提前跟公司销售联系并告知快递单号。也可联系公司销售员去上门取样品。

四、外泌体蛋白质组学科普知识：

       外泌体蛋白质组学的研究离不开对外泌体分离纯化、外泌体鉴定、采用的蛋白质组学策略。

外泌体常见的蛋白质组学方法：外泌体的蛋白质组学鉴定基本和常规蛋白质组鉴定方法一致，都是基于（bottom up）自下而上的模式，即首先将蛋白酶解成肽段，然后利用液相色谱串联质谱技术分析肽段混合物，最后通过数据库检索实现蛋白质的鉴定。基于质谱的的外泌体蛋白质组学可以按照是否有同位素标记非为非标记定量蛋白质组学和稳定的同位素标记的蛋白质组学。

1.非标记定量蛋白质组学技术

非标记定量的蛋白质组学技术研究外泌体可以分为4个步骤：1）分离纯化外泌体 2）外泌体的裂解、蛋白提取和溶液酶解3）肽段的预分离和色谱质谱技术分析4）数据分析、蛋白鉴定定量和数据统计。非标记定量的蛋白质组学技术是一种基于肽段图谱计数的方法，以肽段被质谱检测到的次数肽段二级图谱匹配的数目作为定量的依据，在质谱的依赖数据采集的模式下，丰度更高的肽段被质谱选择进行碎裂的频率也就越高，基于图谱技术的非标定量蛋白质组学技术是研究外泌体最广泛的技术，当然还可以比较不同样品中蛋白酶解的肽段的色谱峰面积或者质谱离子信号强度进行相对定量，这种方法也常用于外泌体蛋白质组学的研究。

2.稳定同位素标记定量蛋白质组学技术

在EVs的研究中，最常用的稳定的同位素标记技术就是SILAC、iTRAQ、TMT,SILAC技术主要用于培养细胞的外泌体蛋白质组学的分析.

随着对不同物种、不同组织和不用细胞来源的外泌体组成研究获得了大量蛋白质、RNA、脂类和其他分子数据，为了更加方便对外泌体的研究和更好的整合外泌体研究的数据，其中ExoCarta、EVpedia和Vesiclepedia这三个数据库是目前收录比较全面和具有影响力的数据库。

1. ExoCarta 数据库

ExoCarta数据库（http://www.exocarta.org/）是由Mathivanan等在2009年建立，是的个收集EVs蛋白质和脂质的数据库，该数据库在2012年和2015年进行了升级，ExoCarta数据库主要收集外泌体的数据。

ExoCarta数据库主要包括人、大鼠、小鼠、果蝇、羊、牛、豚鼠、马、兔近10个物种的外泌体蛋白质、RNA和脂质分子的数据。外泌体来源近60种正常细胞或肿瘤细胞，如脂肪细胞、B细胞、T细胞、树突细胞等等，ExoCarta数据库目前收录了近9769种蛋白质、3408种mRNA、2838种miRNA和1116种脂质。

ExoCarta数据库可以查询多种生物来源的外泌体蛋白，查询得到的内容包括详细的外泌体来源的组织和细胞类型、外泌体分离纯化方法以及鉴定蛋白的方法。ExoCarta数据库还可以提供蛋白鉴定的质谱数据、蛋白质的免疫印迹、蛋白质的相互作用信息。ExoCarta数据库还能提供外泌体最常鉴定到的100种蛋白质，如CD9、HSPA8、PDCD6IP、GAPDH、ACTB、ANX2、CD63、SDCBP等等，需要注意的是这100种蛋白仅仅意味着它们经常在外泌体的研究被鉴定到，并不意味着它们在外泌体中富集，ExoCarta数据库同时也接受研究者上传自己的研究数据。

2.EVpedia数据库

EVpedia数据库（http://student4.postech.ac.kr/evpedia2_xe/xe/）是Kim等在2012年建立的，包含原核生物和真核生物的EVs高通量数据库，EVpedia数据库不仅包括EVs的蛋白质、mRNA、质脂和代谢物相关的数据，还包括微泡、纳米微泡和凋亡小体的EVs信息。

EVpedia数据库具有4大模块

1） 实验的得到的EVs蛋白质、mRNA、质脂和代谢物相关的数据，目前数据库共收录503个高通量产生的1114个数据集，包含了722551个条目

2） 该数据库支持根据物种、囊泡类型、分子和样品类型进行浏览和检索

3） 收录出版物的数据库，至少收录了14192篇和EVs相关的文献出版物

4） 生物信息工具分析，包括序列的搜索、集合分析、基因GO分析和网络分析等

EVpedia数据库还可以提供了EVs组成成分列表，可以查到人、小鼠和所有物种鉴定到EVs的前100个（按照鉴定次数降序排序），以及人、小鼠和所有物种鉴定到的前100个miRNA和mRNA分子，现在EVpedia已经成为了研究真核和原核的EVs重要的数据库。

3. Vesiclepedia数据库

Vesiclepedia数据库（http://www.microvesicles.org/）是由Mathivanan实验室在

2012年建立的，目的是为弥补ExoCarta数据库只包括外泌体数据的不足

Vesiclepedia数据库包含的囊泡类型比较全面，包括外泌体、微泡、凋亡小体、前体、大密度核心囊泡等等11种类型，目前数据库收录349988条蛋白条目、27646中mRNA、10520种miRNA和639种脂质这些来源于1254项研究和41个物种，包括人、大鼠、小鼠、马、羊、牛、狗、猪等等。

Vesiclepedia数据库是目前包含信息最丰富的EVs数据库，为EVs的研究提供了极为丰富的信息，通过数据库可以检索到蛋白、RNA、脂质分子，检索得到的注释信息较为丰富，包含EVs的类型、EVs的来源的组织和细胞类型、EVs的分离纯化的方法，该分子鉴定的方法以及文献信息等等。

总结：ExoCarta、EVpedia和Vesiclepedia3个数据库是目前**的免费使用的EVs数据库，是研究外泌体的重要工具，尽管这些数据库为外泌体的研究提供信息，但是EVs的命名和专业术语本身没有统一的规定，不同的实验方法和技术对EVs的数据重复性提供了制约。无论怎样，数据库提供的信息还是非常丰富的，对于开展外泌体的研究了解物种的外泌体的信息有一定的指导作用和帮助作用。"